MoleculePlot3D
MoleculePlot3D[mol]
分子 mol の三次元モデルを作る.
MoleculePlot3D[mol,patt]
パターン patt にマッチするすべての原子と結合がハイライトされた mol のモデルを作る.
詳細とオプション
- 分子が構造式の座標を持っていない場合は,分子のAtomCoordinatesオプションに従って座標が自動的に生成される.
- mol は,Moleculeオブジェクト,または,体系的な化学名,"Chemical"実体,あるいはExternalIdentifierのように簡単に分子に変換できるものでよい.
- 次は patt の可能な形である.
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n 特定の原子のインデックス Atom[…] 原子のパターン Bond[…] 結合のパターン MoleculePattern[…] 分子の下部構造のパターン {patt1,patt2,…} パターンのリスト <label1patt1,… > ラベルとパターンのAssociation - Style[patt,spec]として入力されたパターンは spec に従ってスタイル付けされる.
- MoleculePlot3Dには,Graphics3Dと同じオプションに以下の追加・変更を加えたものが使える. [全オプションのリスト]
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AtomLabels None 原子のラベルとラベルの置き方 AtomLabelStyle Automatic 原子のラベルに使用するスタイル BondLabels None 結合のラベルとラベルの置き方 BondLabelStyle Automatic 結合のラベルに使用するスタイル Boxed False 境界ボックスを描くかどうか ColorRules Automatic 規則のリスト IncludeHydrogens True 水素原子を表示するかどうか PlotLegends None ハイライトの凡例 PlotTheme Automatic プロットの全体的なテーマ - 以下は,サポートされるプロットテーマである.
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"HeavyAtom" 水素は表示しない "BallAndStick" SphereプリミティブとCylinderプリミティブを使って原子と結合を表示する "Spacefilling" 原子はファンデルワールス(van der Waals)半径と一致する半径の球で描かれる "Tubes" 原子は省略される "Wireframe" 線として描画された結合 - 次は,PlotLegendsのよく使われる設定である.
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None 凡例は使わない Automatic 凡例を自動的に決定する {lbl1,lbl2,…} lbl1, lbl2, …を凡例のラベルとして使う Placed[lspec,…] 凡例の置き方を指定する - patt がAssociationとして入力されたときは,PlotLegendsで labeliが使われる.
全オプションのリスト
例題
すべて開くすべて閉じるオプション (7)
Wolfram Research (2019), MoleculePlot3D, Wolfram言語関数, https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculePlot3D.html (2021年に更新).
テキスト
Wolfram Research (2019), MoleculePlot3D, Wolfram言語関数, https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculePlot3D.html (2021年に更新).
CMS
Wolfram Language. 2019. "MoleculePlot3D." Wolfram Language & System Documentation Center. Wolfram Research. Last Modified 2021. https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculePlot3D.html.
APA
Wolfram Language. (2019). MoleculePlot3D. Wolfram Language & System Documentation Center. Retrieved from https://reference.wolfram.com/language/ref/MoleculePlot3D.html