Mathematicaの幅広いデータ操作機能をベースに構築されたMathematica 9には，数々の新しいインポート・エキスポート機能が加わっている．

新しいインポート・エキスポート形式

"AgilentMicroarray" — 生物学的マイクロアレイデータ形式(.txt)

"FASTQ" —分子生物学形式(.fastq，.fq)

"FCS" — フローサイトメトリーデータを保管するための形式(.fcs，.lmd)

"HIN" — HyperChem分子データ形式(.hin)

"ICC" — カラープロファイル形式(.icc，.icm)

"ICNS" — Macintoshアイコンパッケージ形式(.icns)

"JCAMP-DX" — 化学分光学形式(.jdx，.dx，.jcm)

"OpenEXR" — 劇場用映画ラスタ画像形式(.exr)

"SFF" — DNA配列フローグラム形式(.sff)

更新されたインポート・エキスポート形式

"CUR" — Exportによってサポートされるようになった

"FITS" — Binary Tableのインポートと属性のエキスポート

"HTML" — CDFの埋込みのサポート

"ICO" — Exportによってサポートされるようになった

"JPEG" — 向上したExifとカラープロファイルのサポート

"MIDI" — Importによってサポートされるようになった

"NB" — セルスタイルベースの要素のサポートが加わった

"PBM" — 種々のデータ形式のサポートの改善

"PGM" — 種々のデータ形式のサポートの改善

"PNG" — カラープロファイルのサポートの追加

"PNM" — 種々のデータ形式のサポートの改善

"TIFF" — 3D画像とカラープロファイルのサポートの追加

日付と時間の新機能 »

DateRange — 日付のリストを生成する

DatePlus — 日付のリストまたは文字列の中で日付を足したり引いたりする

DayRange — 日のリストを生成する

DayPlus — 日を足したり引いたりする

LeapYearQ — 指定の日付が閏年にあるかどうかを調べる

DayMatchQ — 日のタイプを決定する

BusinessDayQ — 日が営業日であるかどうかを決定する

DateDifference  ▪  DayRound  ▪  DayCount  ▪  CalendarData

画像の処理と解析の新関数 »

Image3D — データの配列または画像のリストから3D画像を作成する

Image3DSlices — 各次元において3D画像をスライスする

ImageFileApply，ImageFileFilter，ImageFileScan — アウトオブコアの画像処理

ImageMeasurements — 画像の指定の特性を返す

ImageDistance — 2つの画像間のさまざまな差を計算する

ImageValuePositions，PixelValuePositions — 指定の画素値の位置

ReplaceImageValue  ▪  ReplacePixelValue  ▪  ColorReplace

ColorProfileData — 一般的な色空間の表現

DominantColors — 主調色のリストを求める

HistogramTransform，HistogramTransformInterpolation — レベルを均一化する

GradientOrientationFilter  ▪  GaborFilter

NonlocalMeansFilter  ▪  FourierDCTFilter

FindFaces — 画像の中の人間の顔を捜す

ImageCorners  ▪  ImageFeatureTrack

GeodesicClosing  ▪  GeodesicOpening

ImagePeriodogram — 画像フーリエ(Fourier)変換の強度の二乗

信号処理の新関数 »

RecurrenceFilter — IIRフィルタの応答を計算する

LowpassFilter  ▪  HighpassFilter  ▪  BandpassFilter  ▪  BandstopFilter  ▪  ...

LeastSquaresFilterKernel  ▪  FrequencySamplingFilterKernel  ▪  EquirippleFilterKernel

ButterworthFilterModel  ▪  EllipticFilterModel  ▪  Chebyshev1FilterModel  ▪  ...

TransferFunctionTransform — 異なるタイプのアナログフィルタ間で変換する

KaiserWindow  ▪  DirichletWindow  ▪  HannWindow  ▪  HammingWindow  ▪  ...

ListZTransform  ▪  ListFourierSequenceTransform  ▪  ...

FourierMatrix  ▪  FourierDCTMatrix  ▪  FourierDSTMatrix  ▪  HadamardMatrix

Spectrogram  ▪  Periodogram  ▪  ImagePeriodogram  ▪  ...

Upsample  ▪  Downsample