BioMoleculePlot3D
BioMoleculePlot3D[biomol]
创建生物分子 biomol 的三维图形.
BioMoleculePlot3D[biomolpart]
只显示 biomol 的 part 部分.
更多信息和选项
- BioMoleculePlot3D 返回 Graphics3D 表达式.
- biomol 可以是 BioMolecule 对象或可以直接转换为该对象的对象,如 ExternalIdentifier、肽 BioSequence 或 "Protein" Entity.
- 对于形为 BioMoleculePlot3D[biomolpart] 的输入,part 应为 Association,其键和默认值为:
-
"ModelNumber" 1 使用哪个模型 "Chains" All 包含哪些链 - 有些生物分子包含有关生物组装的信息,其中含有链的各种组合以及几何变换. 用 BioMoleculePlot3D[biomol<"AssemblyNumber"n >] 可绘制生物组装的编号 n.
- BioMoleculePlot3D 具有与 Graphics3D 相同的选项,不同之处及更多选项如下所示: [所有选项的列表]
-
Boxed False 是否绘制边界框 ColorRules Automatic 链的着色规则 PlotLegends None 链的着色图例 PlotStyle Automatic 所有链的样式 PlotTheme $PlotTheme 绘图的整体主题 - 以卡通形式展示多肽、DNA 和 RNA 等聚合物链,其中聚合物主链呈管状,并显示各种二级结构,如螺旋、片层和核酸环.
- 对于 biomol 中不属于聚合物链的分离的组成部分(称为配体),则以与 MoleculePlot3D 相同的方式显示.
- ColorRules 的常见设置包括:
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Automatic 自动为链着色 {"ai"coli,…} 为链添加标签 ai,并用 coli 着色 {"Residues","resi"coli,…} 按残基名称着色 - 想获取 biomol 的链的标签列表,请使用 BioMoleculeValue[biomol,"PolymerChainLabels"].
- 想获取 biomol 的残基名称列表,请使用 BioMoleculeValue[biomol,"ResidueNames"].
- 支持的绘图主题包括:
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"Ribbons" 用缎带显示聚合物链 "Backbone" 用丝带显示聚合物链 "SolventAccessibleSurface" 溶剂可及表面 "GaussianSurface" 高斯表面 "VanDerWaalsSurface" van der Waals 表面 "BallAndStick" 用 Sphere 和 Cylinder 基元显示原子和键 "Tubes" 用管子显示键,不显示原子 "Spacefilling" 用球体表示原子,其半径与范德华半径相符 - PlotLegends 的常见设置包括:
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None 没有图例 Automatic 自动确定图例 Placed[lspec,…] 指定如何放置图例
所有选项的列表
范例
打开所有单元关闭所有单元基本范例 (2)
选项 (4)
ColorRules (2)
用 ColorRules 控制聚合物链的样式. 下面的例子明确指定了四个链的颜色,并指定所有其他链使用默认颜色:
如果想按残基而不是链着色,请使用 ColorRules"Residues":
Wolfram Research (2024),BioMoleculePlot3D,Wolfram 语言函数,https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMoleculePlot3D.html.
文本
Wolfram Research (2024),BioMoleculePlot3D,Wolfram 语言函数,https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMoleculePlot3D.html.
CMS
Wolfram 语言. 2024. "BioMoleculePlot3D." Wolfram 语言与系统参考资料中心. Wolfram Research. https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMoleculePlot3D.html.
APA
Wolfram 语言. (2024). BioMoleculePlot3D. Wolfram 语言与系统参考资料中心. 追溯自 https://reference.wolfram.com/language/ref/BioMoleculePlot3D.html 年